質譜儀種類很多，不同類型的質譜儀的主要差別在于離子源。離子源的不同決定了對被測樣品的不同要求，同時所得到信息也不同。因此，在進行質譜分析前，要根據樣品狀況和分析要求選擇合適的質譜儀。
除了純化合物的結構解析可使用直接進樣分析外，藥物分析目前均采用色譜一質譜聯用技術，主要是：氣相色譜一質譜聯用儀和液相色譜一質譜聯用儀。
一、氣相色譜一質譜聯用儀GC-MS分析條件的選擇
在GC-MS分析中，色譜的分離和質譜數據的采集是同時進行的。為了使每個組分都得到分離和鑒定，必須選擇合適的色譜和質譜分析條件。
色譜條件包括：色譜柱類型，固定液種類，汽化溫度，載氣流量，分流比，溫升程序等。質譜條件包括電離電壓，電子電流，掃描速度，質量范圍，溶劑去除時間等。這些都要根據樣品情況進行設定。
二、液相色譜一質譜聯用儀LC-MS分析條件的選擇
LC分析條件的選擇要考慮兩個因素：流動相的組成和流速。
在LC和MS聯用的情況下，由于要考慮噴霧霧化和電離，因此，有些溶劑不適合于作流動相。不適合的溶劑和緩沖液包括無機酸、不揮發的鹽(如：磷酸鹽)和表面活性劑。不揮發性的鹽會在離子源內析出結晶，而表面活性劑會抑制其它化合物電離。在LC-MS分析中常用的溶劑和緩沖液有水、甲醇、甲酸、乙酸、氫氧化銨和乙酸銨等。對于選定的溶劑體系，通過調整溶劑比例和流量以實現好的分離。值得注意的是對于LC分離的最佳流量，往往超過電噴霧允許的最佳流量，此時需要采取柱后分流，以達到好的霧化效果。
質譜條件的選擇主要是為了改善霧化和電離狀況，提高靈敏度。調節霧化氣流量和干燥氣流量可以達到最佳霧化條件，改變噴嘴電壓和透鏡電壓等可以得到最佳靈敏度。對于多級質譜儀，還要調節碰撞氣流量和碰撞電壓及多級質譜的掃描條件。
在進行LC-MS分析時，樣品可以利用旋轉六通閥通過LC進樣，也可以利用注射泵直接進樣，樣品在電噴霧源或大氣壓化學電離源中被電離，經質譜掃描，由計算機可以采集到總離子色譜和質譜。
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