1、在高效液相色譜儀中，使用多種溶劑作為流動相，當進行分析時所需成本高于氣相色譜儀。且易引起環境污染、當進行梯度洗脫操作時，它比氣相色譜儀的程序升溫操作復雜。

2、高效液相色譜儀中缺少如氣相色譜儀中使用的通用型檢測器（如熱導檢測器和氫火焰離子化檢測器）。近年來蒸發激光散射檢測器的應用日益增多，有望發展成為高效液相色譜儀的一種通用型檢測器。

3、高效液相色譜儀不能替代氣相色譜儀，去完成要求柱效高達 10 萬塊理論塔板數以上，必需用毛細管氣相色譜儀分析組成復雜的具有多種沸程的石油產品。

4、高效液相色譜儀也不能代替中、低壓柱色譜法，在 200kPa 至 1MPa 柱壓下去分析受壓易分解、變性的具有生物活性的生化樣品。